疾病诊断，就是医生根据当时的医学认识水平、病人表现出来的临床症候以及具有时代性的检查结果，所给出的解释和归纳。其中最主要的特点是「时间性」和「发展性」，随着技术的发展和对病人随访后病理生理变化的认识，疾病诊断的内涵会不断变化。
很多神经科疾病的诊断最初来源于临床观察，医生把具有共性的临床症候进行总结，产生一个诊断实体，随后通过病理学研究进一步升华，将诊断内涵扩充至临床+病理，这就形成了多数疾病所谓的「经典诊断」。
但不管如何，临床和病理都是疾病病理生理在不同维度的「映射」，从某种角度来说是一种「殊途同归」的表象，其背后会有具体的不同原因。
经典的疾病诊断实体，诸如重症肌无力、帕金森病、阿尔兹海默病（Alzheimer）和面肩肱型肌营养不良等，均是先贤们根据一定共性的临床和或病理特质给予的命名和解释（临床特质和病理特质本身就在不断互补并融合至今）。
然而，随着分子生物学技术和各种组学技术的飞速发展，医生们在疾病的共性临床和或病理特质（经典诊断）背后陆续发现，病因和致病机制有很大的异质性（基于各种组学的精准诊断），经典诊断的内涵正在不断被更新和扩充，由于速度太快，造成了临床医生在实践中对诊断理解「脱节」的困境。
试想一下，当医生们发现，他们曾经认为很熟悉的经典疾病拥有了陌生的病因，难免会有一种挫败感，更加觉得学无止境，一声叹息。而专家们根据新发现的病因反过来不断修正和扩充疾病临床和或病理特质的谱系，使得某些疾病的临床和或病理特质的描述大大扩充最初的内涵，这无疑是认识论上的巨大进步，但在短期内也的确增加了临床医生的困扰。
对于临床上常见的帕金森病，经典诊断所界定的临床特征为运动迟缓、静止性震颤和肌强直，病理特点为神经元内有路易小体，其中有 a-突触核蛋白。然而，在临床上有可能会碰到明显帕金森症却伴有周围神经病或肌张力障碍的患者，与传统帕金森病的特征有诸多不符。最后通过基因测序，诊断为 PRKN 基因缺陷所致的遗传性帕金森病，这类患者在临床上还可以有腱反射活跃，而病理上却没有路易小体。此时，若对照经典帕金森病的临床和病理内涵，是否有一种「画风跑偏」的感觉，其诊断归类无疑就有困难。虽然目前将 PRKN 基因缺陷的 phenotype 归为帕金森病（遗传性）的范畴，但是以修正了既往的帕金森病诊断内涵为代价的。这就是为何疾病的 phenotype 越来越多，谱系越来越广的原因之一。
对于 Alzheimer 病，经典诊断所界定的临床特征为记忆障碍，后期会出现失语、失用和失认，病理特点为海马和皮层的神经元丢失，神经元内有磷酸化 Tau 蛋白聚集形成的神经纤维缠结以及胞外的淀粉样斑块。在过去的 100 多年中，本病的诊断内涵在临床层面和病理层面已经有过变化，譬如很早以前将其称为「老年痴呆」，但随后发现年轻人也可以发生，尤其在遗传性 Alzheimer 病之中，PSEN1 基因缺陷所致 AD 平均发病年龄为 24~78 岁，APP 相关者为 30~75 岁，PSEN2 相关者则为 44~80 岁。从基因角度而言，不同基因缺陷产生了基本类似的临床和病理表型。而对于散发性 Alzheimer 病，会出现一些很偏的「画风」，在基于病理确诊的基础之上，有报道 AD 患者可出现皮质基底节综合征、额叶变异型、后部皮质萎缩以及 Logopenic 进行性失语等。AD 本身就演绎了一种复杂的现象：散发 AD 可以有临床异质性，而遗传性 AD 则可有临床同质性。
前面两类疾病是横跨「散发」和「遗传」的，而最能反映临床或病理诊断与精准（分子）诊断脱节的是很多单基因遗传病。以遗传性肌病为例，以往的经典诊断大多是描述性诊断，或从临床层面（譬如面肩肱型肌营养不良、肢带型肌营养不良、假肥大型肌营养不良等），或从病理层面（譬如中央核肌病、中央轴空病、包涵体肌病等），当我们今天翻阅以上肌病的资料时，每一种描述性诊断的肌病下面都有一个很长的 list，少则几种责任基因，多则数十种责任基因。即使是临床上看一眼就能诊断的面肩肱型肌营养不良，近期也已扩充到 2 型，1 型与 4q35 号染色体上的 D4Z4 重复序列的缺失有关，2 型则是一种双基因病，主要与 18 号染色体上的 SMCHD1 基因缺陷有关。基本一致的表型，责任基因却完全不相同。
对于免疫介导性疾病，也存在临床诊断与精准免疫学诊断脱节的问题，譬如重症肌无力，其经典诊断所界定的临床特征为骨骼肌易疲劳无力，病情波动，晨轻暮重，疲劳后加重，对胆碱酯酶抑制剂有效，血清乙酰胆碱受体抗体阳性。但目前已知除了 AchR 抗体之外，还有 MuSK 抗体、LRP4 抗体和 Agrin 抗体，MuSK 抗体介导的临床表型与 AchR 抗体介导的有一定区别，后两种抗体相关的 MG 还在进一步研究之中。根据神经肌肉接头处与 AchR 相关的蛋白分布，理论上仍有可能发现新的 MG 相关抗体。
从上述分析来看，以往的经典诊断更像是一种临床综合征，在组学水平可能有诸多不同的病因（精准诊断）。然而，如果直接从组学水平定义诊断（譬如单基因遗传病），又会因为外显性、环境因素以及其他复杂因素等，造成临床综合征的异质性，呈现「同病异因，同因异病」的辩证特质。因此，逐渐完善一种更合理的能兼顾「临床」和「组学」的诊断体系才是最终目标。
总之，我们正面临着「经典诊断」和「精准诊断」两条道路的逐渐过渡和融合，这是大势所趋。在此过程之中，我们须尽量将自己的知识体系进行与时俱进的更新，才能乱中求真。
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