目前观点认为，遗传变异在许多疾病中扮演重要角色，这其中就包括卒中。Neurology杂志报道了Kilarski等学者的最新发现，他们直接针对缺血性卒中运用基因组关联研究（GWAS），并在威康信托基金会病例控制协会（WTCCC）研究中发现，HDAC9基因是大动脉缺血性卒中的首个遗传危险因子。
另一澳大利亚GWAS发现，6号染色体短臂21.1号位同样与大血管卒中有关。随后METASTROKE协会为进行大型meta分析重复了以上关联研究，证实以上遗传变异对于个体缺血性卒中亚型具特异性。
设计全基因组关联研究阵列的目的在于，广泛覆盖非假说驱动的研究。为缩小全基因组关联研究阵列与目标候选基因的差距，研究者们又拓展了一小系列定制阵列。免疫芯片就是其中之一，提供目的基因组关联研究阵列，其中包含了免疫相关基因上20万种基因变异。
早期WTCCC研究数据分析显示，拓展的免疫芯片与缺血性卒中相关的单核苷酸多态性约3,000个。然而，心血管疾病和中风的发病机制中暗含了炎症过程，说明免疫芯片中的非中风内容可为中风表现型提供额外信息。
在目的基因组关联研究的起始阶段，Kilarski等学者报道了基因芯片的运用。随后和WTCCC2，及缺血性卒中国际协作组织-METASTROKE，共同进行全基因组关联研究。接下来研究者们利用INTERSTROKE和VISP研究中得来的数据在电脑中进行了复制（即确认得到的数据，而无需基因组从头分型）。
此项研究是利用3,420例缺血性卒中和6,821例对照的免疫芯片阵列，进行基因组关联研究，然后对另外14,000例缺血性卒中使用meta分析。具体方法为利用免疫芯片，对3,420例缺血性卒中和6,821例对照进行基因分型。过后，从GWAS中导入3,548例缺血性卒中数据，从WTCCC研究中导入5,972例对照。
总结性的统计还加上了METASTROKE协会的8,480例缺血性卒中和56,032例对照。最后就在电脑中2,522例卒中患者和1,899例对照中查找了2个单核苷酸多态性。研究者还在1,088例患者和1,102例对照中验证了缺血性卒中与颅内出血的相关性。
表中所示为不同分析阶段，rs10744777序列与缺血性卒中及其亚型的关联。其中，CE表示心源性血栓，CI表示可信区间（confidence interval, CI），IC表示免疫芯片，IS表示缺血性卒中，LVD表示大血管病变，MS表示METASTROKE，OR表示比例值（odd ratio, OR），SVD表示小血管病变，WT表示威康信托基金会病例控制协会（WTCCC）。
Kilarski等学者对共计17,979例缺血性卒中患者和70,764例对照进行分析后发现12号染色体长臂上24号位rs10744777序列与缺血性卒中有关（OR值为1.10，范围在1.07-1.13之间）。
该关联在各型缺血性卒中均存在，而不是仅限于某一亚型，且对不同卒中亚型的影响程度相当。该基因与颅内出血无关(OR值为1.03，范围在0.90-1.17之间)。此项研究首次发现这一与各型缺血性卒中均有关联的具遗传学风险位点。
